蛋白質組學（英語：proteomics，又譯作蛋白質體學），是以蛋白質組為研究對象，研究細胞、組織或生物體蛋白質組成及其變化規律的科學。這個概念早是在1994年，由Marc Wikins首先提出的新名詞。

上周二分享了蛋白產品相關問題（二），本周二將分享蛋白產品相關問題（三）~

現在北京多組學聯合分析機構將帶您進入今日主題

11. mix 樣本的設置目的及設置方法

答案：設置內參通道是為了保證校正不同 run 之間信號和儀器狀態差異，減小系統誤差，從而使得不同run的樣本能夠一起進行數據分析。mix 樣本是用所有需要一起進行數據分析的樣本混合物。

12. iTRAQ/TMT為何不能用于差異較大的物種或樣本？

答案：這主要是由于iTRAQ/TMT的技術特點所決定的。標記定量的數據分析都是基于共有蛋白進行的，蛋白會被過濾掉，無法進行后面數據分析，因此不能用于差異較大的物種或樣本。

13. 同一批上機的 iTRAQ/TMT 樣本，為何不能選取其中部分樣本單獨來分析？

答案：iTRAQ/TMT 是混樣上機的，數據質控是以 run（即開始分的餾分）為單位分析。獲得的總蛋白是所有上機樣本的共有蛋白。所以沒有辦法再單獨分析。

14. 標記類產品為何差異倍數會偏??？

答案：因為標記類產品（iTRAQ、TMT）本身試劑特點，樣本實際的差異倍數會有壓縮現象。因此差異倍數一般在 1.2，就可以說明有差異足夠明顯，而對于非標記類的產品如 label free 、DIA,一般差異倍數要達到 1.5 才能說明問題。

15. 通過 iTRAQ/TMT 實驗，是否可以尋找不同樣本之間的有無差異蛋白或蛋白

答案：不可以，有如下幾個原因：

iTRAQ 實驗結果使用的是Proteome Discoverer 軟件搜庫，該軟件的算法分析對于很大和很小值均會賦值；

A.對于蛋白的定量，軟件采用的是肽段水平合并檢測，很難排除其他相似離子干擾；

B.少量無定量值的蛋白可能是沒有檢測到肽段，或者是報告離子峰太低，并不能說明沒有該蛋白。

本周的FAQ就到此結束啦~