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        蛋白質組學

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        蛋白質組學,糖基化蛋白質組學,多組學聯合分析
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        北京糖基化蛋白質組學——三大基礎圖形:柱狀圖、折線圖、面積圖你學會了嗎?

        2022-05-07 16:11:34

        大家好!我是BioLadder生物信息在線可視化云平臺的工程師小宇,今天北京糖基化蛋白質組學給大家分享怎樣用BioLadder畫出常見的基礎圖形:柱狀圖、折線圖、面積圖!

        如果您反饋問題,報告Bug,提出新的需求,請直接在公眾號內發留言給我哦!為感謝您對BioLadder的認可我們還有星爸爸同款收納包相贈哦!小宇先謝謝大家嘍!

        1.什么是柱狀圖、折線圖、面積圖?

        柱形圖:用于顯示一段時間內的數據變化或顯示各項之間的比較情況。在柱形圖中,類別型或序數型變量映射到橫軸的位置,數值型變量映射到矩形的高度。



        北京糖基化蛋白質組學



        折線圖:用于在連續間隔或時間跨度上顯示定量數值,常用來顯示趨勢和關系(與其他折線組合起來)。此外,折線圖也能給出某時間段內的整體概覽,看看數據在這段時間內的發展情況。 



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        面積圖:是在折線圖的基礎之上形成的,它將折線圖中的折線與自變量坐標軸之間的區域使用顏色或者紋理填充(填充區域稱為“面積”),這樣可以更好地突出趨勢信息,同時讓圖表更加美觀。跟折線圖一樣,面積圖可顯示某時間段內量化數值的變化和發展,常用來顯示趨勢,而非表示具體數值。



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        本文我們就來討論一下這些基礎圖形如何繪制。

        2.繪圖前的數據準備

        以柱形圖的數據舉例:

        demo數據可以在

        https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/ggplot2/BarPlot/demo.xlsx下載。

        數據分為2列,一列為名稱,二列為對應的數值。具體的格式可以參考模塊內部的demo數據。



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        3. BioLadder生信云平臺在線繪制柱狀圖、折線圖、面積圖

        不想寫代碼?可以用BioLadder生信云平臺在線繪制柱狀圖、折線圖、面積圖。

        柱狀圖:

        https://www.bioladder.cn/web/#/chart/51

        折線圖:

        https://www.bioladder.cn/web/#/chart/54

        面積圖:

        https://www.bioladder.cn/web/#/chart/60



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        基本的操作類似,我們以柱形圖的操作舉例。

        3.1 上傳文件

        點擊“選擇”按鈕上傳自己的文件

        備注:

        點擊查看按鈕可以查看自己的上傳的數據;

        點擊下載示例,可以下載demo數據;

        支持txt,csv,xlsx,xls四種格式;



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        3.2 調整參數

        3.2.1有參數

        根據需求調整參數即可

        ? 柱子的寬度:可以調節柱形圖中柱子的寬度

        ? 請選擇是否標注數字標簽:更多選項中還可以調節標注字體的大小




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        3.2.2 通用參數

        ? 坐標軸選項卡:可以調整坐標軸名字,刻度大小,方向,圖例位置大小等



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        ? 顏色選項卡:可以調整圖案顏色,以及可以選擇畫板背景主題。



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        3.3 提交查看

        上傳完數據,并調好參數后,點擊右上方“提交”按鈕,圖像會出現在左側。如果沒有上傳自己的數據,會使用默認的demo數據繪圖。



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        3.4 下載

        可以直接點擊下載按鈕,快捷下載當前所看到的圖形。也可以點擊更多選項,對圖片的寬高,格式等做調整。



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        更多選項里,可以手動拖拽調整圖片大小,也可以在下方的輸入框內直接輸入想要的大小,支持下載PNG,PDF,SVG,JPEG,BMP,EPS,TIFF等多種格式。

        4.BioLadder生物信息在線分析可視化云平臺

        網址:https://www.bioladder.cn/

        BioLadder目前上線了生物學分析常用的50多個模塊,主要包括以下四類:

        數據可視化:箱線圖,南丁格爾玫瑰圖,韋恩圖,UpSet圖,餅圖,詞云圖,小提琴圖,餅圖/甜甜圈圖,弦圖,柱形圖等

        組學數據分析:序列的多重比對,表達數據的CV曲線圖,餅圖/甜甜圈圖,T-SNE,熱圖,趨勢分析的mFuzz,差異分析的火山圖,富集分析的氣泡圖,修飾位點上下游模體分析的seqLogo,Motif熱圖等

        功能分析:GO弦圖,相互作用網絡圖,富集分析

        數據預處理:歸一化,補值,FDR校正,長寬表互換等

        好了柱狀圖、折線圖、面積圖的繪制就到這里了,后續大家想要了解什么內容可以給我們評論反饋,我們會根據大家的意見持續更新。我們歡迎您以任何方式提出您的優化意見,使BioLadder平臺成為廣大科研工作者的生物信息分析平臺!


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